L'agence financière de bassin Adour-Garonne est créée par la loi sur l'eau du 16 décembre 1964 tout comme le comité de bassin qui lui est associé. Il s'agit d'un établissement public de l'Etat placé sous la tutelle du ministère en charge de l'environnement et celui en charge des finances. Elle ouvre véritablement ses portes en 1968.
Sa principale mission est de garantir la qualité et la quantité de l'eau dans un contexte de développement de la pollution des eaux et de changement climatique. Son périmètre d'action est le bassin hydrographique Adour-Garonne, dont les frontières sont définies par l'arrêté du 14 septembre 1966. Ce territoire, mal connu à l'ouverture de l'établissement, comprend une partie du littoral atlantique et la totalité des Pyrénées française. Son principal cours d'eau est la Garonne dont l'aménagement est une des préoccupations majeures de l'institution.
Le 4e programme d’intervention se déroule dans le contexte national de décentralisation et de lutte contre l’inflation. Au niveau du bassin, on note des sécheresses en 1982, 1985 et 1986 ainsi que plusieurs inondations. On déplore également de graves pollutions chimiques et industrielles, notamment sur la petite Baïse et sur le Lot.
Au cours des années 1982 et 1986, l’agence poursuit la politique concernant l’aménagement des rivières. De nouveaux projets de barrages-réservoirs émergent tels que ceux de la Gimone (Haute-Garonne, Gers), de Puydarrieux (Hautes-Pyrénées) ou de Saint-Geniez d’Olt (Aveyron). Le déclin progressif de l’élevage et l’essor de la maïsiculture suscite des besoins croissants d’irrigation : il en résulte une sollicitation financière croissante de l’Agence pour la construction de retenues collinaires. Enfin, le projet de schéma d’aménagement des eaux du bassin Garonne-Pyrénées fait émerger les grands projets de Lunax et de Charlas.
Les aides de la lutte contre la pollution se poursuivent, notamment vis-à-vis des sociétés papetières. L’Agence intensifie par ailleurs son recours à la contractualisation : c’est le cas avec les contrats d’agglomération comme avec les contrats de rivière.
Enfin, l’agence participe à l’action « en faveur du Tiers-monde dans le cadre de la décennie de l’eau (1980-1990) », s’engageant en faveur de l’Afrique Noire (Bénin, Mali, Sénégal, Togo).
La vie de l’agence est quant à elle marquée par un succès croissant de l’Agence auprès des maîtres d’œuvre. Les sollicitations d’aides financières doublent entre 1983 et 1984, d’où une accélération de l’informatisation de l’établissement. A l’été 1984, l’établissement accueille un nouveau directeur, Jean-Luc Renaud remplaçant Jean-Claude Vinçonneau. Enfin, le siège social de l’Agence déménage pour s’installer au 90 rue du Férétra à Toulouse. Les nouveaux locaux sont inaugurés le 6 décembre 1985 par la ministre Huguette Bouchardeau.
